El Sistema de Áreas Naturales Protegidas conserva para las generaciones actuales y futuras los paisajes, el ecosistema, las poblaciones, las especies, el capital genético y el patrimonio cultural.
Esas áreas son lugares físicos o espacio geográfico terrestre o acuático, en el que se conservan ambientes representativos con sus elementos característicos y especies autóctonas.
Misiones tiene cuatro Áreas Naturales Protegidas de jurisdicción nacional; 56 de jurisdicción provincial, ocho de jurisdicción municipal y otras ocho de 8 jurisdicción privada, que totalizan poco menos de 800 mil hectáreas protegidas.